Ahmed Ben Bella dirigera le pays entre 1962 et 1965, date à laquelle il est victime d'un putsch de l'armée.
Houari Boumedienne gouvernera jusqu'à sa mort en 1978.
Sous la présidence de Chadli Bendjedid, la crise est économique (en 1986, la chute du dollar entraîne une forte baisse des revenus issus des hydrocarbures) et politique.
Le pouvoir doit aussi faire face aux premiers mouvements populaires depuis l'indépendance.
Face au Printemps berbère de 1980, puis aux émeutes de Sétif en 1986, il réagit par la répression.
En octobre 1988, l'armée décide de tirer sur les émeutiers (plus de 500 morts).
Les autorités font d'apparentes concessions : une nouvelle constitution, l'instauration du multipartisme et un régime de liberté de la presse.

Les mouvances islamistes qui multiplient les démonstrations de force, profitent de cette ouverture démocratique. La crise économique perdure et, en juin 1990, le Front islamique du salut (FIS) remporte les élections municipales. Ce mouvement sort également vainqueur lors du premier tour des législatives de décembre 1991, mais il convient de préciser que le premier parti du pays à ces élections était en réalité celui de l'abstention.

Le pouvoir réagit en interrompant le processus électoral.
En janvier 1992, l'armée obtient la démission du Président Chadli Bendjedid qui est remplacé par un Haut comité d'État.
À partir de cette date, le pays sombre dans le chaos : ce sera la « décennie noire ».
Policiers et journalistes assassinés, rafles à l'aveuglette, camps de détention inhumains au sud, établissements brûlés, bombes, attentats suicides, villages décimés se succèdent…
Les statistiques officielles mentionnent plus de 100 000 morts et de milliers de disparus. Les groupes armés menaient alors ce qu'ils appellent le Jihad (guerre sainte) qu'aucun idéologue de l'islam ne reconnaît. De son côté, le régime en place, sous prétexte de la lutte antiterroriste, restreint la liberté d'expression, le champ d'action des partis politiques et celui des ONG, locales et internationales.

Dès l'ère du président Liamine Zéroual, les prémices de tentatives d'un règlement politique de la crise commencent à voir le jour, mais aucun accord n'est trouvé. Néanmoins, durant le régime de ce président, l'A.I.S. (branche armée du FIS) observe une trêve : le président Zéroual promulgue une loi Er-Rahma (« La Clémence ») pour les terroristes repentis. Pendant ce temps de nombreux massacres sont commandités aux portes d'Alger (massacre de Ramka, de Raïs et Ben Talha avec plus de 1000 morts civils) et exécutés par le GIA.

Le 25 juin 1998, le chanteur populaire berbère Matoub Lounès est assassiné sur une route de Kabylie.
Cet événement d'abord attribué à des groupes islamistes provoque des émeutes dans toute la région. Le climat est d'autant plus tendu que la loi sur la généralisation de l'arabisation remet la question du pluralisme linguistique au premier plan.
La même année, le président Liamine Zéroual démissionne.

Lors des élections présidentielles d'avril 1999, l'ancien ministre des Affaires étrangères Abdelaziz Bouteflika se présente comme un candidat « indépendant ». Il faut comprendre qu'il n'est pas investi par le FLN, mais est tout de même soutenu par l'armée. Tous ses adversaires se retirent la veille du premier tour.

L'avènement du président actuel Abdelaziz Bouteflika, en 1999, change un peu plus la donne avec une volonté plus affichée de parvenir à la paix civile. La loi dite de la « concorde civile » (semblable à la loi Er-Rahma du Président Zéroual) est votée et approuvée par référendum, et les groupes armés commencent à déposer les armes, surtout à Jijel à l'est et Aïn Defla à l'ouest.

À ce jour, le principal groupe armé qui reste actif est le GSPC. Des tractations, dit-on, sont en cours pour trouver un accord d'amnistie de ses membres comme cela a été fait avec l'AIS.

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